Su kalitesi incelemelerinde, Özel Çevre Koruma bölgelerinde işletilmekte olan atıksu arıtma tesislerinin verimliliklerinin izlenerek varsa sorunların tespit edilmesi ve gereken önlemlerin alınması amaçlanıyor.
2015 yılında Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Muğla’daki Özel Çevre Koruma Bölgelerinde 52 noktada denizel alanda, 32 noktada akarsu ve drenaj kanalları, 6 noktada Göl alanı, 4 noktada yer altı suyu, 20 noktada arıtma tesisi olmak üzere toplam 114 noktada su kalitesi izleme çalışmaları yürütüldüğü açıklandı.